Vous vous appelez Takuya, et vous êtes un lycéen tout ce qu’il y a de plus normal. Ou plutôt, vous étiez un lycéen tout ce qu’il y a de plus normal avant l’incident qui a tout changé : lorsque vous avez été aspergé par ce mystérieux produit chimique au lycée, vous n’avez subi aucun dommage… sauf qu’à présent on vous appelle mademoiselle. Calmez-vous, et prenez le temps de vous habituer à votre nouveau corps de fille et aux nouvelles possibilités qui vous sont offertes.
Quelques temps ont passé depuis votre mésaventure. Vous êtes redevenu un garçon et votre ancienne amie d’enfance, Asuka, est devenue votre copine à part entière (oui, même si vous aviez manqué de faire tout ça dans X-Change premier du nom). Vous partagez votre temps entre elle, le lycée et, pas rancunier pour un sou, votre activité de président du club de physique-chimie de votre bahut. C’est d’ailleurs dans ce club que l’adhérente la plus brillante va vous faire la démonstration d’une machine révolutionnaire capable de vous faire grandir. Après la démonstration, vous ne serez pas plus grand. Mais votre corps aura fait une rechute de féminité. Rebonjour, mademoiselle !
Takuya est de retour dans ce troisième volet de la série, le scénario reprend la même trame que les deux précédents volets, Takuya se retrouve à nouveau victime d’une expérience qui le transforme en fille, à lui de choisir sa voie pour résoudre ce problème.
